Gerakan Kebersihan Lingkungan yang dilaksanakan SMP Negeri 3 Singaraja menyasar lingkungan baik yang ada di dalam sekolah maupun di luar sekolah. Salah satu kegiatan yang diselenggarakan sebagai wujud upaya Gerakan Kebersihan Lingkungan di dalam sekolah adalah penilaian kebersihan kelas yang pesertanya terdiri dari seluruh kelas VII, VIII, dan IX. Penilaian kebersihan kelas merupakan kegiatan rutin yang dilaksanakan oleh sekolah setiap hari Sabtu dan tim penilainya adalah guru-guru SMP Negeri 3 Singaraja yang telah ditunjuk sebagai juri.
Hasil dari penilaian kebersihan kelas ini berupa predikat yang disimbolisasikan dengan bendera berbeda warna. Ada tiga kategori predikat yang diberikan yaitu kategori kelas terbersih dengan simbol bendera warna hijau, kategori kelas kotor dengan simbol bendera warna kuning, dan kategori kelas terkotor dengan simbol bendera warna merah. Tujuan dari kegiatan ini adalah meningkatkan kesadaran dan partisipasi peserta didik terhadap kebersihan lingkungan sekolah, menumbuhkan sikap peduli dan cinta lingkungan sekolah khususnya di kelas masing-masing, serta membiasakan diri untuk berperilaku dengan pola hidup sehat.
